מערכת החימום מספקת את החום הדרוש לתהליך ייבוש הסובלימציה. תחת ואקום, גבישי קרח בחומר סופגים חום עד כדי נשגב. מערכת החימום מעבירה חום לחומר, ומאפשרת לגבישי הקרח להתנשא ללא הרף לאדי מים.
מערכת החימום מספקת את החום הדרוש לתהליך ייבוש הסובלימציה. תחת ואקום, גבישי קרח בחומר סופגים חום עד כדי נשגב. מערכת החימום מעבירה חום לחומר, ומאפשרת לגבישי הקרח להתנשא ללא הרף לאדי מים. לטמפרטורת וקצב חימום מתאימים יש השפעה משמעותית על יעילות הייבוש בהקפאה- ואיכות המוצר. אם טמפרטורת החימום נמוכה מדי, קצב הסובלימציה איטי וזמן הייבוש מתארך. אם טמפרטורת החימום גבוהה מדי, טמפרטורת החומר עלולה לעלות על הטמפרטורה המקסימלית המותרת, ולגרום להידרדרות החומר והשבתה, המשפיעה על איכות המוצר. מערכת החימום יכולה גם לבצע ייבוש ספיגה על החומר בשלבי הייבוש המאוחרים יותר, הסרת יתר המים הקשורים ושיפור נוסף של יובש המוצר.
שיטת חימום נפוצה היא חימום התנגדות. חוטי התנגדות מותקנים במקומות כגון המדף. כשהם מופעלים, החוטים מתחממים ומעבירים חום לחומר. שיטת חימום זו פשוטה וקלה לשליטה, אך אחידות הטמפרטורה עשויה להיות גרועה יחסית. חימום שמן תרמי משתמש גם בשמן תרמי כמדיום להעברת חום. השמן המחומם מעביר את החום למדפים, ומחמם עוד יותר את החומר. חימום שמן תרמי מציע אחידות טמפרטורות מצוינת, מתאים לתהליכי ייבוש בהקפאה- הדורשים אחידות בטמפרטורה גבוהה. חימום בקיטור הוא גם שיטה חלופית, תוך ניצול החום הסמוי של הקיטור לחימום החומר. שיטה זו מתאימה בדרך כלל ליישומים שבהם קיטור זמין ומציעה יעילות חימום גבוהה. קיים גם חימום אינפרא אדום, באמצעות קרינת אינפרא אדום לקליטת חום מהחומר. עם זאת, שיטה זו עלולה לגרום לחימום לא אחיד והיא נדירה יחסית בפועל.
